Die heutige Stadtkirche entstand im 12. Jahrhundert als Kirche für das damals schon bestehende Dorf Lutter. Aus dieser Zeit stammt noch der Turm mit seinen kleinen romanischen Rundbogenfenstern. Da seine Ausmaße die einer gewöhnlichen Dorfkirche übertreffen, muss Lutter damals schon eine bedeutende Siedlung gewesen sein.
Die Kirche wird ansonsten aber den üblichen Dorfkirchen geglichen haben und ein einfaches flachgedecktes Schiff mit viereckigem Chorraum und Apsis besessen haben. Noch während des Mittelalters wurde die Kirche in eine mit Spitzbögen gewölbte gotische, dreischiffige Hallenkirche mit einem gerade schließenden Chorraum ausgebaut. Der Chor stammt in seiner jetzigen Form aus dem 13. Jahrhundert.
Der Schmuck im Innern der Kirche gehört überwiegend der spätgotischen Zeit an. Dazu gehören z. B. die durch aufgerichtete Blätter verzierten Kapitelle der Säulen, die gestalteten Schlusssteine im Treffpunkt der einfachen Diagonalrippen, die hübschen Rosetten in reicher Blattverzierung, sechseckige Eckpfeiler, Kapitelle und kurze Säulen, die von Köpfen oder in einem Fall von einer Figur getragen werden.
Um alle Menschen der Stadt in der Kirche unterbringen zu können, hatte man hölzerne Priechen (Emporen) eingebaut. Diese wurden in den Jahren 1895 – 1897 wieder abgebrochen. Erhalten sind lediglich die Orgelempore und eine Empore links vom Altar, die ursprünglich einmal den Familien der Geistlichen vorbehalten war.
Am Ende des 19. Jahrhunderts wurden zudem die Glocken ausgewechselt. Die aus dem 13. Jahrhundert stammende 76 cm hohe große Glocke ist erhalten und befindet sich im Landesmuseum in Braunschweig.
Rings um die Stadtkirche lag der Friedhof. Nachdem Bestattungen innerhalb der Städte nicht mehr gestattet waren, wurde der Friedhof 1832 endgültig an die Helmstedter Straße verlegt. Der bereits zuvor mehrfach aufgeschüttete Friedhof wurde ein weiteres Mal erhöht, was zur heutigen Situation geführt hat: Die Stadtkirche liegt unter dem Niveau des umgebenden Platzes.
Quelle: Röhr, H.: Baugeschichte der Stadtkirche
Sebastian, so berichtet die Kirchenlegende, wurde im 3. Jahrhundert im Narbonne geboren, aber in Mailand erzogen. Bereits als junger Mann war er von dem Verlangen durchdrungen, verfolgten Christen unter dem römischen Kaiser Diokletian Hilfe zu leisten und Menschen zum Christentum zu bekehren. Als heimlicher Christ sei er in die Reihen des römischen Heeres getreten. Nach beiden Seiten hin habe er ganz außerordentliche Erfolge erzielt, selbst auch Wunder verrichtet. So habe er einer der Sprache schon seit mehreren Jahren beraubten Frau das Sprachvermögen wiedergegeben. Von Kaiser Diokletian sei Sebastian, der seine christliche Einstellung stets verborgen hielt, zu einer hohen Ehrenstelle im Heer befördert und von Papst Cajus selbst zu „Verteidiger der Kirche“ ernannt worden.
Als Sebastian aber dann doch als Christ erkannt worden sei, habe Kaiser Diokletian ihn aufgefordert, das Bekenntnis der christlichen Lehre aufzugeben. Sebastian sei aber standhaft geblieben, daraufhin zu Hinrichtung verurteilt, von einer Menge Pfeile durchbohrt und als tot an einen Baum gebunden worden. Eine Christin, mit Namen Irene, habe ihn in der Nacht beerdigen wollen, aber noch lebendig gefunden. Unter ihrer sorgfältigen Pflege sei er wieder vollständig genesen. Darauf sie er zum zweiten Mal ergriffen, zu Tode ausgepeitscht und in eine Gosse geworfen worden (287 oder 288). Doch sei er einer Christin mit Namen Lucina erschienen und auf seinen Befehl von ihr in den Katakomben beigesetzt worden. Gedenktag ist der 20. Januar.
Quelle: Joachim Fiedler
Fabian soll der Name des 19. Bischofs von Rom in den Jahren 236 – 250 sein. Auf wunderbare Weise wurde er zum Nachfolger von Papst Anterus gewählt. Als nämlich Volk und Geistlichkeit zur Durchführung der Wahl versammelt waren, sei ganz unerwartet eine Taube erschienen und habe sich auf das Haupt des Fabian gesetzt, der nicht einmal römischer Bürger und damals noch nicht zum Priester geweiht war. Sobald aber das Volk dieses Zeichen erblickte, habe es ausgerufen: Fabian ist unser Bischof. Er habe sich dann als würdiger Bischof (Papst) erwiesen. Ihm wird die Bekehrung des Kaisers Philippus und seines Sohnes zum Christentum zugeschrieben. Als aber Kaiser Philippus gegen Ende des Jahres 249 gefallen ist, begann sein Nachfolger Kaiser Decius seine Regierung mit einer furchtbaren Verfolgung der Christen, in der auch Fabian am 20. Januar 250 den Märtyrertod erlitten hat. Gedenktag ist daher ebenfalls der 20. Januar.
Quelle: Joachim Fiedler
Im Sommer 2021 sind u. a. Glockenaufnahmen der Stadtkirche entstanden: